Odnaleziony kryształ przed oddaniem go cesarzowej posłużył jeszcze do uruchomienia dotąd nieaktywnego portalu, przenosząc bohaterów bezpośrednio do Shadow Realms. Profesor Hayton umiera z rąk Talosa, który zabiera kryształ chcąc go dostarczyć cesarzowej Lusici żeby sprowadzić Heigou.
Bohaterowie trafiają do Crystal Reef, miasta będącego odbiciem New Brightwater. W tym świecie nie ma światła, niebo spowite jest gęstymi chmurami, domy są zniszczone, zaś na ulicach spotkać można spotkać zjawy. Trafili oni właśnie do Królestwa Aklorii, skąd pochodzą nękające ich zastępy wrogów. Podczas szukania kryształu, dowiadują się, że w jaskini mieszka Nassaria - potwór nękający tutejszych mieszkańców. W grocie Tal i Elco zostają zahipnotyzowani śpiewem syren i wpadają w pułapkę. Chcąc ich uwolnić, Ailish i Buki pokonują Nassarię. Zaraz po tym nieznani sprawcy atakują ich i porywają. W międzyczasie gracz dowiaduje się o interesach cesarzowej Lusici i Talosa, która chce jak najszybszej konstrukcji wież. Tal po przebudzeniu się, spotyka ponownie Tetsu. Ten mówi mu, że dziewczyny zostały porwane i udziela mu wskazówek jak je odnaleźć. Po tym razem z Elco wyruszają do Cyantine Citadel, gdzie zostają schwytani podczas próby odbicia więźniów. Zaczynają walczyć między sobą co przerywa Caprine - królowa Aklorii.