Jan Muscenius alias Jan Mucha (ur. 1532 w Kurzelowie, zm. 21 lipca 1602 w Krakowie) – polski matematyk i astronom, wielokrotny rektor Akademii Krakowskiej (1592/1593, 1594/1595, 1599/1600, 1601/1602). Znany również jako Jan Musceniusz oraz pod zlatynizowanym nazwiskiem Muscenius lub Musccenius.
Życiorys Urodził się w Kurzelowie (dawne województwo sandomierskie, obecnie powiat włoszczowski), mieszkał w Krakowie.
Edukację podstawową uzyskał w Kurzelowie, następnie został wysłany przez ojca do Niemiec, gdzie kontynuował naukę we Frankfurcie. W roku 1550, zapisał się na Wydział Sztuk Wyzwolonych Akademii Krakowskiej. W sierpniu 1558 został członkiem Collegium Minus oraz objął katedrę astrologii.
Od 29 kwietnia 1556 do 24 lutego 1559 był rektorem szkoły katedralnej na Wawelu.
Kilkukrotnie był wybierany na rektora Akademii Krakowskiej (1592/1593, 1594/1595, 1599/1600, 1601/1602).
Zmarł 21 lipca 1602 roku w Krakowie.
W testamencie rozdzielił swoją kolekcję książek pomiędzy Akademię Krakowską oraz szkołę kolegiacką w Kurzelowie.