Obecnie Biblioteka Uniwersytetu Warszawskiego posiada w swoich zbiorach 59 pięknie oprawionych książek z kolekcji Jana Musceniusa.
Badania naukowe Jan Muscenius 25 sierpnia 1563 roku razem z astronomiami z Akademii Krakowskie (Piotrem z Proboszczowic, Mikołajem z Szadka, Stanisławem Jakobejuszem) przeprowadził obserwację wielkiej koniunkcji Jowisza i Saturna. Obserwacja ta posłużyła do porównania tablic alfonsyńskich (bazujących na modelu geocentrycznym) oraz tablic pruskich (bazujących na modelu heliocentrycznym Kopernika). Tablice pruskie poprawnie wskazały czas wielkiej koniunkcji Jowisza i Saturna na 25 sierpnia 1563 roku. Separacja kątowa pomiędzy obserwowanymi planetami wynosiła 6.8 minut łuku. Tablice alfonsyńskie wskazywały inną datę koniunkcji, dla której separacja kątowa wynosiła 2 stopnie i 21 minut łuku. Profesorowie z Akademii Krakowskiej zasługerowali używanie obliczeń bazujących na modelu Kopernika jako bardziej dokładnych oraz wykładanie modelu heliocentrycznego podczas wykładów z astronomii.
Od 1555 do 1568 przeprowadził 1649 nieinstrumentalnych obserwacji meteorologicznych.