Po 1850, kiedy to odziedziczył Czeszewo, ograniczył działalność, chociaż ponownie pełnił mandat poselski i kierował Kołem Polskim, wielokrotnie występując w sprawach polskich. Aktywność polityczną zastąpił pracą organiczną. Był w gronie założycieli Poznańskiego Towarzystwa Przyjaciół Nauk i od 1868 pełnił funkcję jego prezesa. Działał także w innych organizacjach: w 1867 założył w Czeszewie kółko rolnicze. W kwietniu 1869 roku odbył naukową podróż do Galicji. Odwiedził wówczas z wykładami Kraków i Lwów, był serdecznie przyjmowany przez mieszkańców obu miast. Szczególną pamiątką z tej podróży jest album wręczony filozofowi przez młodzież akademicką, zawierający karty z ponad 300 podpisami słuchaczy Uniwersytetu Jagiellońskiego i Instytutu Technicznego w KrakowieA. Baszko, Podróż naukowa Karola Libelta do Galicji w 1869 roku i rękopiśmienna pamiątka po niej w zbiorach Biblioteki Raczyńskich w Poznaniu, „Biblioteka. Rocznik Biblioteki Uniwersyteckiej w Poznaniu” 21 (30), Poznań 2017, s. 43–77.. Do albumu dla Libelta wpisali się m.in. Michał Hieronim Bobrzyński, Karol Stanisław Olszewski czy Tadeusz BrowiczAlbum jest obecnie przechowywany w zbiorach specjalnych Biblioteki Raczyńskich w Poznaniu;