Po oswobodzeniu miejscowości Zlin został wybrany do miejscowego narodowego komitetu rewolucyjnego. 15 czerwca 1945 r. zrezygnował jednak z tej funkcji. W tym czasie pojawiły się pierwsze oskarżenia go o działalność w kolaboracyjnej organizacji Národopisná Morava. Następnie stanął na czele Morawskiego Stowarzyszenia Czeskich Partyzantów. Działał też w Czesko-Słowackim Koordynacyjnym Komitecie Partyzanckim. Organizacje te działały na rzecz integracji b. partyzantów w życiu społecznym i politycznym oraz zapewniały im pracę. Josef Vávra-Stařík został prezesem utworzonej przez nie spółdzielni PARTKOL w Zlinie, mającej swoje oddziały na północnych Morawach. Jego kolaboracyjnym etapem życia zainteresowały się komunistyczne środowiska ze Zlinu i Pragi. Pojawiły się też zarzuty o nadużywanie swojej pozycji w partyzanckich organizacjach. Z kolei J. Vávra-Stařík skrytykował kierownictwo Komunistycznej Partii Czechosłowacji za nieprawidłowe podejście do sprawy b. partyzantów, co doprowadziło do konfliktu z sekretarzem generalnym KPCz Rudolfem Slánským i odpowiadającym za sprawy partyzanckie w KC KPCz (jednocześnie agentem sowieckim) mjr. Augustinem Schrammem. Rosnące wpływy środowiska morawskich b. partyzantów, na czele z J. Vávrą-Staříkiem, zaczęły otwarcie zagrażać innym frakcjom w KPCz.