Po groźbie usamodzielnienia się ruchu partyzanckiego J. Vávra-Stařík został pozbawiony wszystkich funkcji w organizacjach partyzanckich.
Po lutowym zamachu stanu komunistów w 1948 r., musiał też zrezygnować z posady prezesa spółdzielni PARTKOL. Wkrótce dowiedział się, że bezpieka ŠtB jest gotowa aresztować go. W tej sytuacji wraz z kilkoma najbliższymi współpracownikami ze spółdzielni PARTKOL przedostał się nielegalnie do Triestu, a stamtąd wyjechał do zachodnich Niemiec. Wszedł tam w skład tzw. Komitetu Czeskiego. Według części źródeł działał tam na rzecz ŠtB, o co oskarżała go część czeskiej emigracji. Następnie zamieszkał we Francji, nawiązując kontakty z Deuxieme Bureau. Stworzył tam organizację Světlana (nazwanej imieniem jego córki), która wysyłała nielegalnie do Czechosłowacji swoich kurierów.
Po pewnym czasie przeniósł się do Austrii, aby być bliżej ojczyzny. Udzielał pomocy uchodźcom czechosłowackim. Próbował nawiązać kontakty z władzami jugosłowiańskimi Josipa Broz Tity. Jego emigracyjną działalność przerwało jednak porwanie przez ŠtB i wywiezienie go do Pragi. Przeszedł brutalne przesłuchania, podczas których próbowano zmusić go do przyznania się m.in. do współpracy w czasie wojny z Gestapo, ale bezskutecznie.