Został odratowany i po zakończeniu rejsu w Sewastopolu 13 maja 1878 skreślony z listy członków załogi.
Później Kandinski sam postawił sobie samemu rozpoznanie „primäre Verrücktheit”, co odpowiadałoby dziś stanowi zbliżonemu do schizofrenii. Od 1881 roku ordynator szpitala św. Mikołaja Cudotwórcy w Sankt Petersburgu, kierowanym wówczas przez Ottona Czeczotta. W 1885 został wybrany na prymariusza w tym szpitalu, na miejsce Iwana Sikorskiego, powołanego na katedrę psychiatrii w Kijowie. 25 stycznia 1886 specjalna komisja z Janem Mierzejewskim na czele przyznała mu jednogłośnie nagrodę im. Filippowa za monografię O pseudohalucynacjach.
W 1889 roku Kandinski doświadczył zaostrzenia swojej choroby, pod wpływem omamów słuchowych popełnił samobójstwo przez przedawkowanie morfiny. Do ostatnich chwil życia zapisywał obserwacje swojego stanu psychicznego. Ostatnimi słowami w jego notatkach były: „Nie mogę dłużej pisać dlatego, że przestaję widzieć. Światła! Światła!”v. Rothe A. Dr. med. W. Ch. Kandynski. Necrolog. Allgemeine Zeitschrift für Psychiatrie und Psychisch-gerichtliche Medicin 4, ss. 550-551 (1890).