W latach 1995–1996 był stypendystą Programu Fulbrighta na University of Illinois, Urbana-Champaign (USA). Opublikował ponad sto artykułów naukowych w czasopismach polskich i zagranicznych. Publikuje też z synem, Tomaszem Obłojem, poprzednio wykładowcą w szkole biznesu HEC we Francji a obecnie Kelley School of Business, Indiana University.
Zajmuje się strategią organizacji, strukturami i procesami organizacyjnymi. Był jednym z prekursorów nowoczesnej koncepcji zarządzania w Polsce po upadku starego systemu gospodarczego od początku lat 1980. Opublikował wtedy kilka podstawowych podręczników organizacji i teorii zarządzania.
Był prezydentem stowarzyszenia European International Business Association, a w 2006 został wybrany Fellow tej organizacji. Jest członkiem Strategic Management Society, American International Business Academy i EURAM (European Academy of Management). W 2003 roku opublikował z Januszem Palikotem Myśli o nowoczesnym biznesieJanusz Palikot i Krzysztof Obłój, Myśli o nowowczesnym biznesie, Słowo/Obraz Terytoria, Gdańsk, 2003, , 172 strony. oparte na felietonach publikowanych w „Rzeczpospolitej”. W 2013 wydano po rosyjsku Strategię organizacji.