Natomiast przedostatnie auto, z pełnym wyposażeniem do ratownictwa medycznego zostało przekazane jako dar dla jednej z organizacji non-profit.
Restylizacje W 2006 roku przeprowadzono facelifting modelu, przy okazji którego zmodernizowano gamę jednostek napędowych. Wzrosła moc silników benzynowych (modele 2.5 i 3.0 otrzymały oznaczenie „si” pochodzące od słów „sport” i „injection”) oraz wysokoprężnych. Do silników Diesla zaczęto standardowo montować filtr cząstek stałych. Do gamy silnikowej dołączyła wersja 3.0sd, wyposażona w diesla o pojemności 3 litrów oraz dwie turbosprężarki. Był to najmocniejszy silnik w X3 osiągał moc 286 KM i 580 Nm maksymalnego momentu obrotowego.
W roku 2007 poprawiono precyzję spasowania elementów wnętrza. W 2010 roku producent przekonfigurował gamę silników. Z oznaczeń modelu zniknęła kropka (np. zamieniono 2.0i na 20i). Zwiększono moc wybranych modeli. Wysokoprężny motor 2.0d 155 KM zastąpiono dwiema wersjami: 18d 143 KM i 20d 177 KM. Najmocniejszą wersję 3.0sd przemianowano na 35d.
Wersja rajdowa W Rajdzie Dakar 2006 zadebiutowała wersja BMW X3 Cross Country stworzona dla rajdów terenowych przez firmy X-raid w kooperacji z Magna Steyr i BMW Motoren na bazie BMW X3 (E83).