Zadaniem Flotylli Przymorskiej było gwarantowanie bezpieczeństwa rosyjskim interesom polityczno-gospodarczym w regionie Azji Południowo-Wschodniej oraz Pacyfiku, a Flotylli Kamczackiej realizacja zadań na bezpośrednim zapleczu floty.
W dyspozycji lotnictwa morskiego Floty pozostawały pułki lotnicze. Komponent wojsk brzegowych Floty stanowiły: 55 Mozyrska Dywizja Piechoty Morskiej, 40 Dywizja Obrony Wybrzeża, 520 Brygada Artylerii Brzegowej, 72 pułk brzegowej artylerii rakietowej i 482 pułk artylerii. Osłonę z powietrza zapewniały1532 i 923 pułk rakiet OP. Ponadto w składzie wojsk brzegowych były 216 i 217 pułk walki radioelektronicznej, pododdziały przeciwdywersyjne płetwonurków, a w komponencie wojsk specjalnych floty utrzymywano 52 morski pułk rozpoznania specjalnego.
Do 2008 potencjał sił bazowania morskiego wynosił około 44 okrętów. W składzie lotnictwa morskiego floty utrzymywano 568 Mieszany pułk lotniczy stacjonujący w Mongokto, 289 pułk lotnictwa ZOP w Nikołajewce, 865 pułk lotnictwa myśliwskiego w Jelizowie, 317 mieszany pułk lotniczy w Jelizowie oraz 71 eskadrę lotnictwa transportowego w Kniewiczi. W ramach wojsk brzegowych w 1994 włączono 25 Korpus Armijny z Kamczatki.