Historia Archipelag został odkryty 22 listopada 1574 przez hiszpańskiego żeglarza Juana Fernándeza, który zboczył ze swojego pierwotnego kursu na drodze z Peru do Valparaiso. Odkrytym wyspom nadał nazwy: Más Afuera, Más a Tierra i Islote de Santa Clara.
W XVII i XVIII w. wyspy stały się kryjówką piratów, służyły również jako kolonia karna. Na mapy zostały prawidłowo naniesione dopiero w 1790 przez Alessandro Malaspinę. W 1914 wyspy stały się punktem zbornym rozproszonej niemieckiej flotylli Maximiliana von Spee. Następnie cesarskie okręty grafa von Spee zadały klęskę Brytyjczykom w bitwie pod Coronelem. Miesiąc później niemiecka flota została rozbita w bitwie Falklandzkiej, a jedyny ocalały cesarski okręt po ucieczce został ostatecznie zatopiony u wybrzeży Más a Tierra na początku 1915.
W 1966 chilijski rząd zmienił nazwę wyspy Más Afuera na Aleksander Selkirk, a Más a Tierra na Robinson Crusoe w celu promowania turystyki. Przy czym w rzeczywistości Aleksander Selkirk nigdy nie przebywał na Más Afuera, ale na Más a Tierra.