30 lipca 2007 nowelą konstytucyjną przyznano wyspom Juan Fernández oraz Wyspie Wielkanocnej status terytorium specjalnego.
27 lutego 2010 wyspy nawiedziło tsunami wywołane przez trzęsienie ziemi w Chile.
Klimat thumb|200px|Wyspa Robinson Crusoe Na wyspach panuje klimat podzwrotnikowy, na który duży wpływ wywiera Prąd Humboldta, płynący w kierunku północnym. Temperatura waha się pomiędzy 13 a 22 °C (średnia wynosi 16,2 °C). Na wyżej położonych terenach temperatury są niższe. Opady skupiają się głównie w miesiącach zimowych, średnia roczna opadów sięga 1081 mm. Wysokość opadów jest również kształtowana przez El Niño.
Przyroda Wyspy są ostoją dla wielu endemicznych gatunków roślin i zwierząt, niespotykanych nigdzie indziej. Ze względu na znaczną izolację archipelagu liczba roślin i zwierząt jest ograniczona. Tutejsza flora ucierpiała na skutek wprowadzenia pewnych gatunków z zewnątrz (w szczególności kóz). Strefy roślinne układają się zgodnie z położeniem nad poziomem morza. Na niższych wysokościach przeważają trawy i zarośla, natomiast wyżej znajdują się lasy górskie.