Z Meksyku Malaspina chciał popłynąć na Hawaje i Kamczatkę, lecz zamiast tego pożeglował bezpośrednio do portu na Alasce, gdzie zbadał zachodnie wybrzeże aż do Prince William Sound w zatoce Alaska.
W zatoce Yakutat członkowie wyprawy nawiązali kontakt z północnoamerykańskim plemieniem Tlingit. Hiszpańscy uczeni przeprowadzili badania etnograficzne, zebrali wiele informacji na temat tego plemienia, jego obyczajów, języka, gospodarki, zwyczajów wojennych i obrzędów pogrzebowych. Artyści obecni w wyprawie wykonali portrety członków plemienia i utrwalili sceny z jego życia codziennego. Lodowiec znajdujący się nad zatoką Yakutat Icy u podnóża Góry Świętego Eliasza został nazwany imieniem dowódcy wyprawy Malaspina. Botanik Luis Nee, członek wyprawy, zebrał i opisał wiele nowych gatunków flory i fauny.
Kolejnym przystankiem wyprawy była hiszpańska przystań i fort Świętego Michała na wyspie w fiordzie Nootka u brzegów wyspy Vancouver. Tam Alessandro Malaspina podjął się poprawy stosunków między hiszpańskimi władzami a miejscową ludnością Nuu-chah-nulth.