W 1792 ekspedycja powróciła do Meksyku, gdzie dokonano bardziej szczegółowych badań Cieśniny Juana de Fuca i Strait of Georgia. W tym samym roku wyprawa wypłynęła z Meksyku na Ocean Spokojny w stronę Azji. Pierwszym postojem były wyspy Guam, a następnie Filipiny, gdzie badacze spędzili kilka miesięcy, głównie w Manili. W tym samym czasie Malaspina wysłał Bustamante do Makau w Chinach. Po powrocie skierowano się do Nowej Zelandii, gdzie wykonano mapowania wybrzeży i pomiary głębokościowe. Zawinięto do zatoki Port Jackson w Australii, gdzie leży obecnie Sydney.
Powrót wyprawy nastąpił wschodnią częścią Oceanu Spokojnego; po drodze ekspedycja zatrzymała się na miesiąc na wyspie Vavaʻu należącej do archipelagu Tonga. Stamtąd odpłynęła do Callao (Peru), a następnie Talcahuanco (Chile), gdzie przeprowadziła badania fiordów południowego wybrzeża Chile, a następnie okrążyła przylądek Horn i skierowała się w kierunku Montevideo. Po drodze zbadała Falklandy i wybrzeża Patagonii.
Z Montevideo ekspedycja Malaspina popłynęła przez Ocean Atlantycki do Hiszpanii, osiągając port w Kadyksie 21 września 1794 roku. Wyprawa spędziła na morzu 62 miesiące.
Aresztowanie i zesłanie polityczne W grudniu 1794 roku Malaspina spotkał się z królem Karolem IV i premierem Manuelem de Godoy.