Rok później otrzymał awans na brygadiera floty.
Po wyprawie i badaniach przeprowadzonych w hiszpańskich posiadłościach Malaspina wysuwał propozycje przyznania koloniom niepodległości i zawiązania konfederacji państw zajmujących się międzynarodowym handlem. Pomysł ten, głównie z powodu wybuchu rewolucji francuskiej, spotkał się ze sprzeciwem dworu królewskiego, w rezultacie czego działania badacza uznano za wrogie i 23 listopada Malaspina został aresztowany pod zarzutem spisku przeciw państwu. 20 kwietnia 1796 roku został pozbawiony rangi i osadzony w twierdzy San Antón w A Coruña (Galicja). Przebywał w więzieniu od 1796 do 1802 roku. Podczas pobytu w odosobnieniu napisał szereg esejów na temat estetyki, ekonomii i krytyki literackiej. Jego relacje z ekspedycji pozostały w archiwach królewskich, gdzie z czasem znaczna jego część zaginęła lub trafiła do prywatnych kolekcji, m.in. Aleksandra von Humboldta.
Pod koniec 1802 roku został uwolniony, lecz musiał opuścić Hiszpanię. Wyjechał do rodzinnego Mulazzo przez port w Genui i osiadł w pobliskiej Pontremoli.