W 1994 został I sekretarzem Departamentu Rozwoju Gospodarczego i Handlu.
W 1996 zdobył tytuł „Człowieka Roku” tygodnika „Caribbean Business”, a w 1995 tytuł „Urzędnika Roku” Portorykańskiego Stowarzyszenia Marketingu Przemysłowego oraz Dystrybucji Żywności i Napojów. Fortuño zrezygnował ze stanowiska w gabinecie, po reelekcji Resselló na stanowisku gubernatora Portoryko w 1996.
Po odejściu z gabinetu gubernatora, Fortuño powrócił do praktyki adwokackiej. Został partnerem w jednej z prywatnych firm prawniczych w San Juan, specjalizując się w prawie finansowym.
Kariera polityczna Luis Fortuño już w czasie studiów w USA był blisko związany z amerykańską Partią Republikańską. Dlatego w 2003 zdecydował się ubiegać o urząd komisarza rezydenta (delegat bez prawa głosu) w Izbie Reprezentantów USA z ramienia Nowej Partii Postępowej (NPP), która była członkiem Partii Republikańskiej.
W listopadzie 2003 wygrał partyjne prawybory na ten urząd z wynikiem 61,3% głosów. Komisarz rezydent, podobnie jak gubernator jest w Portoryko wybierany w wyborach powszechnych na 4-letnią kadencję. W wyborach w listopadzie 2004 zdobył 48,5% głosów i pokonał kandydata Powszechnej Partii Demokratycznej, Roberto Pratsa (48% głosów).