Urząd komisarza rezydenta objął oficjalnie 3 stycznia 2005.
W 2007 Fortuño był jednym z autorów Puerto Rico Democracy Act of 2007, ustawy przyjętej przez Kongres i zakładającej przeprowadzenie w Portoryko do końca 2009 referendum na temat zmiany obecnego statusu prawno-politycznego wyspyPuerto Rico political status bill passes congressional committee, carribeannetnews.com, 25 października 2007..
19 lutego 2007 Luis Fortuño ogłosił zamiar ubiegania się o stanowisko gubernatora Portoryko. 9 marca 2008 w partyjnych prawyborach na ten urząd pokonał byłego gubernatora Pedro Rosselló Gonzáleza, stosunkiem 60% do 40% głosów poparcia, Daily News, 10 marca 2008..
W wyborach generalnych 4 listopada 2008 zdobył 52,7% głosów poparcia i pokonał dotychczasowego gubernatora Aníbala Acevedo Vilę z Powszechnej Partii Demokratycznej (41,3% głosów)"Luis Fortuño elected Governor of Puerto Rico", SKNVibes, 5 listopada 2008.. Urząd gubernatora objął 2 stycznia 2009Fortuno sworn in as Puerto Rico governor, People's Daily Online, 3 stycznia 2009..