1 marca 1591 uzyskał nominację na urząd kasztelana poznańskiego.
W ostatnich latach życia Jana doszło między nim a stryjecznym bratem Hieronimem do konfliktu po tym, jak w 1593, Hieronim wytoczył proces ich wspólnemu krewnemu, biskupowi pomocniczemu we Włocławku Janowi Rozdrażewskiemu Nowomiejskiemu, o zwrot dóbr trzymanych tytułem sprawowania sufraganii. Biskup pomocniczy zwrócił się o poparcie do wielkopolskiej szlachty, w tym do swego krewniaka na Rozdrażewie, a zarazem stryjecznego brata biskupa. Poparcie od Jana Rozdrażewskiego uzyskał, ale między stryjecznymi braćmi stosunki uległy ochłodzeniu. Jednym z przejawów tego ochłodzenia był sporządzony przez Hieronima w 1599 testament, w którym biskup uzasadnił fakt zapisania Janowi jedynie dwóch koni z własnej stajni przekonaniem, że nie przystoi nieprzyjaciół wiary katolickiej obdarowywać majątkiem z dochodów Kościoła.
Był wybrany prowizorem przez protestancko-prawosławną konfederację wileńską w 1599 roku.
Jan Rozdrażewski rozpoczął budowę nowego, obszernego kościoła dla swoich współwyznawców w Krotoszynie, którą ukończono tuż przed jego śmiercią.