Należały do nich w 2000 roku Rejsy Pokoju z międzynarodową załogą, z młodzieżą państw ogarniętych konfliktami zbrojnymi na Bliskim Wschodzie.
W 2000 roku statek przeszedł gruntowny remont, z modernizacją pomieszczeń.
Od 2006 roku uczestniczy w programie Zobaczyć Morze, a od 2011 roku rokrocznie Zawiszą harcerze przewożą Betlejemskie Światło Pokoju dla skautów z Bornholmu i Karlskrony.
Między październikiem 2020 a marcem 2021 roku statek przeszedł kolejny remont. Udało się odnowić część poszycia i wręg oraz wymienić część ścian nadbudówki. Odświeżono wszystkie magazyny na statku, wymieniono agregaty i przeprowadzono gruntowny remont głównej tablicy rozdzielczej.
31 sierpnia 2022 roku Związek Harcerstwa Polskiego ogłosił konkurs w celu wyłonienia nowego armatora swojej flagowej jednostki.
16 listopada 2023 roku żaglowiec wyruszył do stoczni w Darłowie, aby odbyć remont klasowy.
19 lipca 2024 roku „Zawisza Czarny” wyruszył w pierwszy rejs po remoncie ze stoczni w Darłowie i udał się do macierzystego portu w Gdyni.
Kapitanowie Zawiszy Czarnego II Poniższy wykaz obejmuje osoby, które w przeszłości pełniły funkcję lub aktualnie posiadają certyfikację armatora do pełnienia funkcji kapitana s/y Zawisza Czarny (stan na 10 października 2022 roku).