Do dziesiątego roku życia zdobywa edukacyjne szlify pod okiem ojca, a następnie w łacińskiej szkole w Kamenz. W 1741 trafia do elitarnej szkoły książęcej pod wezwaniem św. Afry w Miśni, gdzie zostaje dostrzeżony przez pedagogów jako bystry uczeń i chłonny umysł, z zapałem studiujący w oryginale dzieła m.in. Terencjusza i Plauta. Choć szkołę w Miśni cechowała surowa dyscyplina, pozwala ona młodemu Lessingowi na otwarcie się na tendencje oświeceniowe, zwłaszcza poprzez lekturę tekstów myślicieli francuskich. W roku 1746 immatrykuluje się na uniwersytecie w Lipsku, gdzie zgodnie z życzeniem ojca rozpoczyna studia na wydziale teologicznym. Lipsk jest już wtedy jednych z głównych ośrodków niemieckiego oświecenia. To tu działa słynny reformator literatury niemieckiej Johann Christoph Gottsched (1700–1766), tu występuje też słynna trupa teatralna Fryderyki Caroliny Neuber (1697–1760), z którą Lessing nawiązuje rychły kontakt i dla której pisze w 1747 r. swą pierwszą sztukę pt. Młody uczony. W roku 1748 przerywa studia, do których wraca w 1751 r., immatrykulując się na uniwersytecie w Wittenberdze, gdzie rok później zostaje magistrem sztuk wyzwolonych. W tym okresie studiuje teksty filozoficzne, teologiczne, estetyczne i literackie myślicieli angielskich, francuskich i niemieckich.