Działalność pozanaukowa Bolesław Mazurkiewicz był żeglarzem, uzyskał stopień jachtowego kapitana żeglugi wielkiej. Współtworzył Gdański Okręgowy Związek Żeglarski i był jego prezesem. Pomorski Okręgowy Związek Żeglarski nadał mu tytuł honorowego prezesa.
Zajmował się też zachowaniem zabytkowych statków, współpracując z Centralnym Muzeum Morskim w Gdańsku. Od 1980 był współtwórcą Komitetu Ochrony „Daru Pomorza”, a następnie długoletnim prezesem Towarzystwa Przyjaciół „Daru Pomorza”. Był też związany ze statkiem-muzeum Sołdek, od 2005 do 2017 pełnił funkcję prezesa Towarzystwa Przyjaciół Statku-Muzeum „Sołdek”. W 1993 Stowarzyszenie Działaczy Kultury Morskiej w Gdyni nadało prof. Bolesławowi Mazurkiewiczowi tytuł Honorowego Członka tego stowarzyszenia. 11 lipca 1995 wybrany został przewodniczącym Rady Naukowej Instytutu Morskiego w Gdańsku. W latach 2006–2015 był przewodniczącym Rady Muzeum przy Centralnym (później Narodowym) Muzeum Morskim.