W 1967 poślubił Claudine Acou, ceremonia odbyła się w języku francuskim. Zadecydowała o tym matka kolarza, która poprosiła duchownego udzielającego ślubu, aby dokonał tego po francusku. Nie wiedziała wtedy, że jest to kwestia sporna w Belgii, w której wielu ludzi identyfikuje się nawzajem według języka, którym mówi (język francuski jest w użyciu w Walonii i w Brukseli, a język flamandzki we Flandrii i w Brukseli). Mimo to Merckx zyskał sympatię wszystkich Belgów, bez względu na pochodzenie. W 1996 roku król Belgów Albert II Koburg nadał mu dożywotnio tytuł barona.
Merckx jest znany jako cicha i skromna osoba, człowiek raczej czynu niż wielkich słów. Jego cechą jest lojalność, której przykładem może być fakt, że wielu jego pomocników z czasów kolarskich znalazło pracę w fabryce Merckxa, oraz towarzyszą „Kanibalowi” w jego rekreacyjnych wycieczkach rowerowych.
Jego syn Axel Merckx jeździł z powodzeniem dla belgijskiej drużyny kolarskiej Davitamon-Lotto i zdobył na igrzyskach w Atenach brązowy medal. On oraz jego siostra Sabrina dali swojemu ojcu już kilkoro wnuków.