W pierwszych miesiącach niemieckiej okupacji Selbstschutz uczestniczył w działaniach eksterminacyjnych wymierzonych w polską inteligencję, a brutalność jego członków budziła zaniepokojenie w kierownictwie SS. Członkowie tej organizacji byli dla Polaków szczególnie niebezpieczni ze względu na znajomość stosunków i uwarunkowań społecznych. Ponadto działając w szeregach Selbstschutzu mogli uregulować zadawnione sąsiedzkie spory i zagarnąć mienie należące do aresztowanych i mordowanych Polaków. Do końca 1939 roku z rąk bojówek Selbstschutzu zginęły dziesiątki tysięcy Polaków, z czego najwięcej na terenach Pomorza Gdańskiego. Zdaniem Jochena Böhlera do końca 1939 Selbstschutz z Policją Bezpieczeństwa zamordował ponad 40 tys. osób – około 30 tysięcy na obszarze Pomorza Gdańskiego, 10 tysięcy w Wielkopolsce, 1500 na Górnym Śląsku i 1000 w rejencji ciechanowskiej (w tym samym czasie w Generalnym Gubernatorstwie zgładzono 5000 Polaków)Jochen Böhler Najazd 1939, Wydawnictwo Znak, Kraków 2011, strona 170.. Szczególnie okrutne zbrodnie miały miejsce w organizowanych przez Selbstschutz aresztach i prowizorycznych obozach koncentracyjnych. Na okupowanym Pomorzu Gdańskim istniało ich 19.