Organizacyjnie Selbstschutz zostawał podzielony na trzy okręgiAntoni Witkowski, Mordercy z Selbstschutzu, MON, Warszawa 1986.: Okręg I Południowy – siedziba we Wrocławiu, szef: SS-Gruppenführer Fritz Katzmann; Okręg II Centralny – siedziba w Poznaniu, szef: SS-Oberführer Hans Kelz; Okręg III Północny – siedziba w Gdańsku, szef: SS-Oberführer Ludolf-Hermann von Alvensleben.
Okręgi Południowy i Centralny nadzorował SS-Obergruppenführer August Heissmeyer, zaś Okręg Północny podlegał bezpośrednio Reinhardowi Heydrichowi szefowi Głównego Urzędu Bezpieczeństwa Rzeszy. Okręg Północny – tzw. Selbstschutz Westpreussen – obejmujący zasięgiem swojego działania całe przedwojenne województwo pomorskie i niektóre powiaty Wielkopolski, był najsilniejszą strukturą Selbstschutzu. Wynikało to w pierwszym rzędzie z faktu, iż mniejszość niemiecka na tych terenach była stosunkowo liczna i bardzo dobrze zorganizowana. 24 września 1939 Selbstschutz Westpreussen liczył już 8038 członków, 30 września – 16 370, 28 października – 28 032, a 21 listopada – 38 279.