lokatą w duchowieństwie wojskowym wyznania rzymsko-katolickiego.
Zmobilizowany latem 1939, został kapelanem 42 Pułku Piechoty w Białymstoku. Po rozbiciu pod Zambrowem 18 Dywizji Piechoty, w skład której wchodził jego pułk, ks. Cyganek trafił do niewoli niemieckiej. Udało mu się zbiec z obozu jenieckiego.
Powrócił w 1940 do diecezji, pracował jako wikariusz w Trzciannem, w 1941 w Krypnie, a od 1942 po tragicznej śmierci poprzedniego wikarego ks. Edwarda Junga – w Knyszynie. Spędził tu, u boku administratora knyszyńskiej parafii oraz późniejszego kanclerza warmińskiej kurii biskupiej ks. Franciszka Bryxa, resztę wojny; wykorzystując bogate zasoby archiwum parafialnego, a także inne materiały, przygotował monografię Knyszyna, w której wyodrębnił część o dziejach miasta i część o dziejach miejscowego kościoła.
W styczniu 1946 przeniósł się do pracy na Warmii i Mazurach. Początkowo był wikariuszem w Giżycku, gdzie jednocześnie pełnił obowiązki prefekta w gimnazjum i liceum pedagogicznym. Od 1949 pracował jako proboszcz w Rynie, dojeżdżając zarazem do Szymonki i Sterławek. Również na kolejnym probostwie w Dąbrównie, gdzie pełnił posługę w latach 1951-1955, dojeżdżał do miejscowości okolicznych – Marwałdu, Ruszkowa i Dylewa.