Na północy rozciąga się pasmo Gubałówki, a na południu nad miastem góruje Giewont.
Historycznie leży w Małopolsce, w dawnej ziemi krakowskiej.
Według danych z roku 2017 miasto zajmuje obszar 84,26 km² (w tym: użytki rolne – 31%, użytki leśne – 57%), stanowiąc 17,89% powierzchni powiatu.
Sąsiaduje z gminami: Bukowina Tatrzańska, Kościelisko, Poronin, a także ze Słowacją.
W latach 1975–1998 Zakopane administracyjnie należało do województwa nowosądeckiego.
Zanieczyszczenie powietrza Położenie geograficzne utrudnia wentylację miasta, przez co spowija je smog, szczególnie w sezonie grzewczym. Według raportu Światowej Organizacji Zdrowia w 2016 roku Zakopane zostało sklasyfikowane jako 45. najbardziej zanieczyszczone miasto Unii Europejskiej pod względem stężenia pyłu PM2,5. Od tamtego czasu rozwój infrastruktury geotermalnej oraz wymiana starych pieców spowodowały znaczny spadek poziomu zanieczyszczeń. Od 2021 r. średnioroczny poziom stężenia pyłu zawieszonego PM2,5 na stanowisku pomiarowym przy ul. Sienkiewicza utrzymuje się w prawnie dopuszczalnych granicach.