W 1662 roku miał miejsce pożar, w którym kościół parafialny uległ dużemu zniszczeniu. Z pierwotnego wyposażenia do czasów współczesnych przetrwała jedynie figura Matki Boskiej z DzieciątkiemJ. Skrabski, Kościoły Grybowa. Monografia historyczno-artystyczna, Kraków 2010, s. 17-18. Nabożeństwa odbywały się w kościółku św. Bernardyna. Ludność grybowska pomagała w odbudowie kościoła, przekazując na ten cel kwoty pieniężne. Nowo wybudowany kościół został 10 maja 1705 roku uroczyście poświęcony przez biskupa sufragana krakowskiego Kazimierza Łubieńskiego. Od tego czasu patrocinium kościoła poszerzono o patronat św. Mikołaja. Wydaje się, że drugi człon rozszerzonego patrocinium nie musiał być dodany w XVIII w., bowiem wcześniejsze wizytacje informują, że w ołtarzu głównym obraz św. Mikołaja znajdował się obok obrazu św. Katarzyny, co sugeruje, że patrocinium to mogło być również pierwotnym patrocinium kościoła grybowskiego.