W wyniku wojny trzynastoletniej w 1466 roku Koronie podporządkowane zostały również Prusy Królewskie, czyli utracone Pomorze Gdańskie i ziemię chełmińską, a także Warmię, która zachowała autonomię.
Po śmierci ostatnich Piastów mazowieckich w 1526 w skład Korony weszło całe Mazowsze. Natomiast w 1564 wcielono do niej śląskie księstwa oświęcimskie i zatorskie, co potwierdzało trwałość roszczeń Korony wobec utraconych ziem śląskich.
W roku 1564 król Zygmunt August, ostatni wielki książę litewski, zrzekł się na rzecz Korony Królestwa Polskiego praw do sukcesji w Wielkim Księstwie Litewskim. Natomiast w roku 1569 na sejmie lubelskim (na którym została zawarta 1 lipca unia lubelska) inkorporował Prusy Królewskie oraz jako prawny spadkobierca dziedzictwa Giedymina przekazał Koronie ruskie ziemie będące pod władzą Wielkiego Księstwa Litewskiego, do których Królestwo Polskie rościło prawa od czasów Kazimierza Wielkiego. W tym samym roku Zygmunt August inkorporował również do Korony jako lenno Księstwo Kurlandii i Semigalii.
Ostateczny kształt terytorium na wschodzie Korona Królestwa Polskiego uzyskała w 1634 roku, po zawarciu pokoju z Moskwą.