Niepodległe Państwo Chorwackie thumb|left|Adolf Hitler wita Pavelicia w Berghofie, 1941 Kiedy 6 kwietnia 1941 roku państwa Osi najechały na Jugosławię, Pavelić przebywał na emigracji we Włoszech. Jeszcze przed kapitulacją Jugosławii, chorwaccy ustasze utworzyli 10 kwietnia Niepodległe Państwo Chorwackie (NDH), zależne od Niemiec i Włoch. Przywódcą nowego państwa został Pavelić, który 15 kwietnia przybył do Zagrzebia, a dwa dni później mianował swój pierwszy gabinet. 25 kwietnia osobistym dekretem zakazał wszelkich publikacji używaną przez Serbów cyrylicą.
18 maja 1941 roku poglavnik został przyjęty na audiencji w Watykanie przez papieża Piusa XII, który udzielił mu błogosławieństwaViktor Novak, Magnum Crimen, Nova Knjiga 1986, s. 894.José M. Sánchez, Pius XII and the Holocaust: Understanding the Controversy, s. 160.The Vatican and the Holocaust: A Preliminary Report.. thumb|Ante Pavelić pozdrawia członków parlamentu Niepodległego Państwa Chorwackiego, luty 1942 r. thumb|Ante Pavelić i minister spraw zagranicznych III Rzeszy Joachim von Ribbentrop, 1941