Reżim ustaszów Pavelicia był najbardziej morderczym w okupowanej EuropieLadislaus Hory i Martin Broszat: Der Kroatische Ustascha-Staat, 1941–1945 Stuttgart, 1964.. 6 czerwca 1941 roku Pavelić spotkał się z Adolfem Hitlerem, z którym omawiał możliwość wysiedlenia większości Serbów z Chorwacji i zastąpienia ich Chorwatami i Słoweńcami, mieszkającymi na terenach okupowanych przez III Rzeszę. Do końca wojny Pavelić realizował swój program wyrugowania z NDH mniejszości (zarówno narodowych, jak i religijnych) i stosował wobec nich politykę ludobójstwa. Jest odpowiedzialny za zbrodnie wojenne, głównie masowe mordy na prawosławnych Serbach, Żydach i Romach, w tym w obozie koncentracyjnym Jasenovac.
Polityka Pavelicia początkowo zyskała poparcie katolickiego duchowieństwa – prymas Chorwacji, arcybiskup Alojzije Stepinac oświadczył, że w przemianach w kraju dostrzega „rękę Boga”List pasterski z 28 kwietnia 1941, cytowany w: Karlheinz Deschner, I znowu zapiał kur. Krytyczna historia Kościoła, Uraeus 1997, t. 2, s. 264.Ian Jeffries, The Former Yugoslavia at the Turn of the Twenty-first Century: A Guide to the Economies in Transition (2002).. Pavelic otrzymał od biskupa błogosławieństwoBernd Jürgen Fische, Balkan Strongmen: Dictators and Authoritarian Rulers of South Eastern Europe, p.