Mają jedną córkę, Agatę.
Deklaruje się jako ateistka.
Kontrowersje
Katolicyzm i przemocy wobec kobiet 8 grudnia 2004, podczas międzynarodowej konferencji w Sztokholmie poświęconej przemocy wobec kobiet, Minister Magdalena Środa – pełniąca wówczas funkcję pełnomocnika rządu do spraw równego statusu kobiet i mężczyzn – w rozmowie z agencją Reuters stwierdziła, że przemoc wobec kobiet w Polsce ma pośredni związek z silnym wpływem Kościoła katolickiego na życie publiczne. Zaznaczyła, że katolicyzm nie wspiera przemocy wobec kobiet bezpośrednio, jednak jej zdaniem istnieje związek między nią a kulturą pozostającą pod silnym wpływem religii.
Wypowiedź wywołała spór polityczny; przedstawiciele opozycji, w tym Prawo i Sprawiedliwość, domagali się odwołania Środy, a ona sama oddała się do dyspozycji ówczesnego premiera Marka Belki (SLD). Belka pozostawił Środę na stanowisku, udzielając jednak „poważnego upomnienia”, zarzucając Środzie, że jako przedstawicielka rządu nie zachowała należytej ostrożności w publicznej wypowiedzi.