Po śmierci księcia Kazimierza w 1194 Mikołaj wraz z biskupem krakowskim Pełką oraz wdową po Kazimierzu Heleną objął rządy regencyjne w imieniu małoletniego Leszka Białego.
W 1195, zebrawszy rycerstwo małopolskie i otrzymawszy wsparcie od księcia halickiego Romana, stawił opór chcącemu opanować tron krakowski bratu Kazimierza, Mieszkowi Staremu i zmusił go do odwrotu w bitwie nad Mozgawą 13 września 1195. Po tym wydarzeniu wraz z biskupem Pełką sprawował faktyczne rządy w Małopolsce. Tymczasem księżna Helena, którą wspierał wojewoda sandomierski Goworek, porozumiała się z Mieszkiem Starym, któremu umożliwiła opanowanie Krakowa w 1198 w zamian za uznanie Leszka Białego za swego następcę w tej dzielnicy. Mieszko został wkrótce usunięty, jednak powrócił jeszcze na tron krakowski, który piastował do swej śmierci, można przypuszczać, że za porozumieniem z Mikołajem i Pełką.