W kampanii wrześniowej 1939 roku Mazowiecka Brygada Kawalerii pod jego dowództwem toczyła zacięte opóźniające i odwrotowe walki z Niemcami. Działając w składzie Armii „Modlin”, stanowiła prawe skrzydło obrony Mławy, walcząc w okolicy Krzynowłogi Małej i Chorzel, a także pod Przasnyszem, Pułtuskiem i Wyszkowem. Swój wrześniowy szlak bojowy zakończyła 24 września pod Góreckiem Starym, gdzie została rozbita po krwawym i zaciętym boju i następnie rozwiązana.
Brał czynny udział w działalności sportowej i społecznej. Pełnił obowiązki przewodniczącego Komisji Technicznej Towarzystwa Międzynarodowych i Krajowych Zawodów Konnych w Polsce. Za działalność społeczną został odznaczony Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski. Był również współautorem Zarysu historii wojennej 1 Pułku Szwoleżerów Józefa Piłsudskiego. thumb|left|Jan Karcz jako więzień KL Auschwitz W czasie okupacji podjął walkę konspiracyjną (ps. „Jan”). Wstąpił do tajnej Organizacji Orła Białego działającej na terenie Krakowa. Wraz z nią przeszedł do Związku Walki Zbrojnej (Okręg Krakowski). Na początku 1941 został przypadkowo aresztowany w łapance w Tarnowie.