Początkowo więziony w Lublinie w więzieniu na Zamku, w dniu 27 listopada 1941 przywieziony do niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz–Birkenau.
Osadzony jako więzień polityczny – Polak (P.Pole) z numerem 23569, również tam Jan Karcz nie złożył broni. Wstąpił do konspiracyjnego Związku Organizacji Wojskowej, założonego w obozie Auschwitz przez rtm. Witolda Pileckiego. Prawdopodobnie w grudniu 1941 został wydany przez zdrajcę obozowemu Gestapo. Po przejściu okrutnego przesłuchania w bunkrze bloku 11 został osadzony w karnej kompanii i skierowany do obozu w Birkenau. Tam założył płk Jan Karcz ekspozyturę ZOW i kierował nią do stycznia 1943 roku. 23 stycznia został powtórnie osadzony w bunkrze bloku 11 i 25 stycznia rozstrzelany pod Ścianą Straceń, a jego ciało spalone w krematorium.
11 listopada 1969 roku Prezydent RP, August Zaleski mianował go pośmiertnie generałem brygady.
Był żonaty z Ireną z domu Czarkowską i miał dwóch synów: Jerzego Feliksa (ur. 8 listopada 1921) i Jana Witolda (ur.