Zaangażował się w działalność Austriackiej Partii Ludowej (ÖVP). Był długoletnim wiceprzewodniczącym (1991–2009) i następnie do 2011 przewodniczącym afiliowanej przy tym ugrupowaniu organizacji pracodawców i pracowników (ÖAAB). W latach 1992–1993 Michael Spindelegger wchodził w skład Rady Federalnej (Bundesratu). W 1993 objął mandat posła do Rady Narodowej XVIII kadencji. Od tego czasu z listy ÖVP był wybierany do niższej izby austriackiego parlamentu w kolejnych wyborach (1994, 1995, 1999, 1999, 2002, 2006, 2008 i 2013). Po akcesie Austrii do Unii Europejskiej od stycznia 1995 do października 1996 sprawował mandat posła do Parlamentu Europejskiego, wchodząc w skład frakcji Europejskiej Partii Ludowej, a także Komisji ds. Gospodarczych i Walutowych oraz Polityki Przemysłowej.
Od 1996 do 2006 był wiceprzewodniczącym parlamentarnego Komitetu Spraw Zagranicznych oraz rzecznikiem ÖVP ds. zagranicznych. W latach 2000–2007 wchodził w skład Zgromadzenia Parlamentarnego Rady Europy, w tym od 2002 do 2006 przewodniczył w nim delegacji austriackiej. Od marca 2000 do października 2006 pełnił funkcję wiceprzewodniczącego klubu parlamentarnego ÖVP.
30 października 2006 Michael Spindelegger został wybrany na wiceprzewodniczącym Rady Narodowej.