Funkcję utrzymał w kolejnej kadencji i pełnił ją do 2 grudnia 2008.
W wyniku wyborów parlamentarnych w 2008 ÖVP oraz Socjaldemokratyczna Partia Austrii (SPÖ) zawarły drugą z rzędu tzw. wielką koalicję. 24 listopada 2008 desygnowany kanclerz Werner Faymann ogłosił skład swojego gabinetu, w którym resort spraw zagranicznych przypadł Michaelowi Spindeleggerowi. 2 grudnia 2008 Michael Spindelegger wraz z pozostałymi członkami gabinetu Wernera Faymanna został zaprzysiężony.
W związku z chorobą Josefa Prölla w 2011 Michael Spindelegger objął funkcję przewodniczącego ÖVP, a 21 kwietnia tegoż roku został również wicekanclerzem Austrii.
Wybory parlamentarne w 2013 ponownie wygrała socjaldemokracja, kierowani przez Michaela Spindeleggera ludowcy zajęli drugie miejsce. Obie główne partie uzyskały najsłabsze wyniki wyborcze od lat 40. SPÖ i ÖVP odnowiły koalicję. 16 grudnia 2013 lider ludowców w drugim rządzie Wernera Faymanna objął stanowisko wicekanclerza oraz ministra finansów. 1 września 2014 odszedł z rządu w związku ze sporami na temat reformy podatkowej.