Po rewolucji lutowej w 1917 został wcielony do I Korpusu Polskiego dowodzonego przez gen. Dowbor-Muśnickiego. W 1918, w stopniu podkapitana, pełnił służbę w 7 pułku strzelców polskich. Początkowo korpus ten wobec walk rewolucyjnych zachowywał neutralność, jednak po zaatakowaniu przez Gwardię Czerwoną rozgromił bolszewików, zdobył miasto Bobrujsk i osadził się w tamtejszej twierdzy.
Po pokoju brzeskim Bobrujsk został przejęli Niemcy, którzy bez walki rozwiązali I Korpus. Stanisław Kobyliński wrócił do kraju, a dokładnie 11 listopada 1918 zgłosił się jako porucznik do organizującego się 22 pułku piechoty w Siedlcach. 8 lipca 1920, podczas wojny z bolszewikami, został przeniesiony z baonu zapasowego 22 pułku piechoty do VI Lubelskiego baonu etapowego na stanowisko dowódcy. Podczas walki został ranny w bitwie pod Równem.
Po zakończeniu wojny kontynuował zawodową służbę wojskową w 22 pp w Siedlcach. 3 maja 1922 został zweryfikowany w stopniu kapitana ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919 i 240. lokatą w korpusie oficerów piechoty. 1 grudnia 1924 został mianowany majorem ze starszeństwem z dniem 15 sierpnia 1924 roku i 63. lokatą w korpusie oficerów piechoty. W 1925 został dowódcą II batalionu w macierzystym pułku.