Sonderaktion Lublin nie była jednak akcją o wyłącznie lokalnym zasięgu. W związku ze zbliżaniem się Polskiego Święta Niepodległości, Niemcy przeprowadzali bowiem „prewencyjne” aresztowania i egzekucje niemal we wszystkich regionach okupowanej Polski. W szczególności zwraca uwagę podobieństwo Sonderaktion Lublin do przeprowadzonej kilka dni wcześniej akcji aresztowania profesorów krakowskich uczelni wyższych (Sonderaktion Krakau).
Obawiając się polskich wystąpień Niemcy wzmocnili straże w więzieniu na Zamku Lubelskim, a także ochronę dworca kolejowego oraz magazynów żywności (6 listopada 1939). Za datę rozpoczęcia Sonderaktion Lublin uznaje się natomiast 9 listopada 1939. Tego dnia Niemcy aresztowali w mieście kilkuset przedstawicieli inteligencji – prawników, inżynierów, duchownych, a także nauczycieli szkół średnich, powszechnych i Pedagogium Lubelskiego. W gronie aresztowanych znalazł się m.in. rektor KUL, ks. Antoni Szymański, oraz profesor tej uczelni – ks. Zdzisław Goliński. W siedzibach lubelskich sądów zatrzymano prezesa Sądu Okręgowego, Stanisława Bryłę; prezesa Sądu Apelacyjnego, Bolesława Sekutowicza;