Po 1945 podjął pracę jako lekarz w ubezpieczalni społecznej, by w 1949 objąć funkcję ordynatora oddziału w Szpitalu św. Ducha, przeniesionym do dawnego Szpitala Starozakonnych. W 1949 obronił rozprawę doktorską Badania nad dziedziczeniem zeza i ich znaczenie dla wytłumaczenia powstania zaburzeń równowagi mięśniowej oczu, a w 1951 habilitował się na podstawie pracy O wpływie ciśnienia wewnątrzgałkowego jednego oka na ciśnienie drugiego. W 1953 kierowany przez Arkina oddział został włączony – jako Zakład Okulistyki – do Instytutu Doskonalenia i Specjalizacji Kadr Lekarskich; w 1959 zakład przemianowano na Klinikę Okulistyczną, a niewiele później Instytut Doskonalenia na Studium Doskonalenia Lekarzy Akademii Medycznej w Warszawie. W 1961 Studium Doskonalenia Lekarzy, a w jego składzie Klinika Okulistyczna, zyskały nową siedzibę w budynku Szpitala Bielańskiego. Kierownik kliniki Wiktor Arkin nosił już wówczas tytuł profesora nadzwyczajnego (od 1959). Na emeryturę przeszedł w wieku 70 lat 1 października 1964, ale jeszcze przez kilkanaście lat pozostawał konsultantem kliniki (potem oddziału).