Opracowanie, wdrażanie i funkcjonowanie SZJ jest związane z tworzeniem dokumentacji systemowej. Dokumentacja systemowa jest wymagana przez normę ISO i organizacja wdrażająca system nie może się od tego obowiązku uchylić. Norma dzieli dokumentację operacyjną na dwa rodzaje, mianowicie na „procedury dokumentowane” i na inne „dokumenty” np. rejestry, potrzebne organizacji, aby mogła sama planować realizować i nadzorować swoje procesy. W skład wymaganych „procedur udokumentowanych” wchodzą: nadzór nad dokumentami, nadzór nad zapisami, audyt wewnętrzny, nadzór nad wyrobem niezgodnym, działania korygujące i naprawczeI. Campbell, Komentarz do nowej normy ISO 9001:2000. Struktura, wymagania, efekty, WEKA, Warszawa 2001, s. 19–30.. Dokumentacja SZJ obejmuje politykę jakości i cele dotyczące jakości oraz wymaga użytkowania kilku rodzajów dokumentów, do których należą: Księga Jakości, plany jakości, specyfikacje z wymaganiami, wytyczne zawierające zalecenia lub propozycje, oraz zapisy. Księga Jakości dostarcza spójnych informacji o SZJ, plany jakości opisują jak system jest stosowany do określonego wyrobu lub przedsięwzięcia, zaś zapisy dostarczają obiektywnego dowodu o wykonanych działaniach lub osiągniętych wynikach. Norma wymaga ustanowienia procedur i instrukcji pracy, które określają, jak jednakowo wykonać działania i procesy.