Pod względem operacyjnym inspektorat został podporządkowany II wiceministrowi spraw wojskowych Funkcję II wiceministra spraw wojskowych w owym czasie pełnił gen. Kazimierz Sosnkowski. → , a pod względem zaopatrzenia – Dowództwu Okręgu Generalnego Warszawa. Oddziały Wojskowej Straży Granicznej w terenie podporządkowano w całości Dowództwom Okręgów Generalnych. W Inspektoracie WSGran. pracowało ośmiu oficerów, dwóch wachmistrzów, trzech podoficerów i dwudziestu trzech szeregowców. Inspektorat składał się z dwóch wydziałów i adiutantury. W wydziale organizacyjno-granicznym pracowało dwóch oficerów – jeden oficer sztabowy do spraw organizacji, dyslokacji i wojskowej ochrony granic oraz drugi do spraw wyszkolenia, regulaminów, szkół itp. Wydział kontroli obsługiwało trzech oficerów – jeden do spraw kontroli służby granicznej i łączności między resortami, drugi do spraw kontrwywiadu, przemytnictwa i kwestii prawnych, trzeci prowadził ewidencję przemytnictwa. W adiutanturze, oprócz dwunastu szeregowców i pięciu podoficerów zatrudnionych było dwóch oficerów, w tym jeden starszy. W czerwcu 1919 rozpoczęto formowanie samodzielnego dywizjonu podległego bezpośrednio inspektorowi Wojskowej Straży Granicznej. Działać on miał na rzecz Ministerstwa Aprowizacji i ochraniać magazyny i transporty z aprowizacją.