poł. w. XVII znajdowały się także relikwie św. Marcjana. Kościół wraz z klasztorem został ograbiony i spalony podczas powstania Chmielnickiego w r. 1648. W r. 1650 kapituła generalna zakonu postanowiła jego odbudowę. Restauracja świątyni rozpoczęła się kilkanaście lat później. W r. 1680 kościół był już odbudowany, natomiast klasztor znajdował się dopiero w budowie. W r. 1697 biskup bakowski Armand Wiktoryn Cieszejko konsekrował kościół i klasztor. W r. 1731 prowincjał Jan Kapistran Wdziekoński stwierdził niebezpieczeństwo ruiny klasztoru i zwrócił się do ks. Lubomirskiego o wsparcie dla zrujnowanych budynków. Odbudowę rozpoczęto w r. 1740, a w r. 1744 Józef Wyleżyński, burgrabia łucki, ofiarował na ten cel 18 000 złotych. W dekrecie reformacyjnym po wizytacji z r. 1855 kościół został opisany jako chylący się ku ruinie. W r. 1876 klasztor i kościół w dalszym ciągu wymagały pilnego remontu. W 1881 i w 1884 roku miały miejsce pożary, podczas których spłonęły dachy na kościele. Podczas I wojny światowej, w l. 1914–1915 zostały uszkodzone dachy, zaś ze sklepień odpadły w niektórych miejscach sztukaterie. Prace restauracyjne przeprowadzono w latach 1921-1926, a kolejne pod koniec lat 30. W dniu 4 maja 1945 roku w kościele odprawiona została ostatnia msza i klasztor został opuszczony. Na początku sierpnia r.