1945 pod klasztor podłożono minę, która uszkodziła budowlę. Od tego momentu następowała dewastacja budynków, rozkradziono wyposażenie, zdjęto blachę z dachów. Wkrótce potem zawaliło się sklepienie nad kościołem. Klasztor został rozebrany i w 1976 r. nie ma po nim śladu. Synagoga z XVII w. – murowana bożnica, która została zniszczona podczas II wojny światowej.
Obrona ludności przed UPA W 1943 roku, kiedy w okolicy rozpoczęły się ze strony UPA napady na ludność polską, klasztor stał się miejscem schronienia dla okolicznych mieszkańców, a zakonnicy utworzyli oddział samoobrony. W jego organizacji pomagał należący do AK Stanisław Włodyka. Dowódcą obrony klasztoru został Jan Urlau, a po jego zaginięciu Wojciech Mierzwiński. Po tym, jak w styczniu r. 1944 w sąsiednich Bołdurach zamordowano 40 Polaków (Zbrodnia w Bołdurach), klasztor i kościół ufortyfikowano (zamurowując niektóre okna i drzwi oraz tworząc strzelnice). 5 marca 1944, po utworzeniu przez UPA tzw. Republiki Beresteckiej, ok. 200-osobowy oddział konnicy ukraińskiej zaatakował klasztor w Leszniowie, napastników jednak odparto ogniem z karabinów maszynowych i granatami.