Pracując w Ocean Institute stworzył prekursora SpongeBoba Kanciastoportego: komiks zatytułowany The Intertidal Zone (), wykorzystywany przez instytut do nauczania studentów o życiu zwierząt w basenach pływowych. W komiksie występowały różne antropomorficzne morskie stworzenia, z których wiele przekształciło się w postacie ze SpongeBoba Kanciastoportego. Hillenburg próbował szerzej wydać komiks, ale żadna z firm, do których go wysłał, nie była zainteresowana publikacją.
Dużą inspiracją dla Hillenburga był album zespołu Ween o nazwie z 1997 roku, który poruszał tematykę morską i podwodną. Hillenburg skontaktował się z zespołem wkrótce po premierze albumu, wyjaśniając podstawowe założenia dla SpongeBoba Kanciastoportego, a także poprosił zespół o piosenkę. Wykonany przez zespół utwór nosił tytuł Loop de Loop i został wykorzystany w odcinku Rozwiązany but.
Koncepcja Pracując jako artysta w Ocean Institute, Hillenburg rozważał powrót na studia artystyczne. Zanim jednak do tego doszło, wziął udział w festiwalu animacji, który zainspirował go do pójścia na studia animacji eksperymentalnej w California Institute of the Arts. Jego pracą dyplomową był film Wormholes opowiadający o teorii względności.