W latach swoich największych sukcesów zarabiał astronomiczną jak na tamte czasy sumę ponad 100 tys. dolarów za film. Rozsądnie zainwestował pieniądze, co zapewniło mu komfort.
Był zdeklarowanym homoseksualistą. Kłóciło się to jednocześnie z jego głębokim przywiązaniem do religii katolickiej, w której został wychowany. Aby ukryć orientację aktora, której odkrycie przez media spowodowałoby upadek mitu męskiego kochanka, Louis B. Mayer chciał zaaranżować małżeństwo aktora z kobietą. Ten jednak nie wyraził na to zgody.
Novarro zakończył życie śmiercią tragiczną. Pod koniec października 1968, 69-letni aktor zapłacił dwóm młodym braciom, 22-letniemu Paulowi i 17-letniemu Tomowi Ferguson, aby przyszli do jego domu i uprawiali z nim seks. Jednak bracia Ferguson mieli inne intencje. Wierzyli, że majętny aktor musiał ukryć w swoim domu pokaźną sumę. Zamordowali aktora, nie wierząc mu, że w rzeczywistości nie przechowywał on w domu majątku. Uciekli z zaledwie 20 dolarami, jakie znaleźli w jego portfelu. Przyczyną śmierci Novarro było gwałtowne zakrztuszenie się własną krwią, której upływ spowodowało ciężkie pobicie. Ciało aktora pochowano w Los Angeles na katolickim cmentarzu Calvary. Bracia Ferguson, szybko złapani i wzajemnie się obwiniający, zostali skazani na długoletnie więzienie, ale wyszli na wolność, po skutecznej apelacji.