Od 1989 roku do momentu wybuchu wojny domowej w 1992, klub nieprzerwanie rozgrywał spotkania na pierwszym poziomie rozgrywek. W sezonie 1990/91 Borac zajął najwyższe w swojej historii startów w lidze piłkarskiej SFRJ, czwarte miejsce. W 1992 Borac wygrał Puchar Europy Środkowej, znany także pod nazwą Puchar Mitropa. Jednocześnie to była ostatnia edycja tych rozgrywek. Po sezonie 1991/92 Borac wycofał się z rozgrywek ligi SFRJ. W latach 1992-1995 zespół z Banja Luki rozgrywał swoje mecze w miejscowości Valjevo w dzisiejszej Serbii. Klub w tym okresie rozegrał 116 spotkań w ligach Federalnej Republiki Jugosławii. W tym czasie klub zaczął brać również udział w rozgrywkach o Puchar Republiki Serbskiej, który to został zdobyty przez Boraca czterokrotnie.
Na podstawie Układu w Dayton w 1995 roku ogłoszono powstanie Bośni i Hercegowiny oraz zakończenie wojny. Do sezonu 1999/2000 regularnie zmieniano format i ilość uczestników rozgrywek o mistrzostwo kraju. Dopiero od sezonu 2000/2001 powstała Premijer liga Bosne i Hercegovine, jako odpowiednik polskiej Ekstraklasy. Jako niższy stopień rozgrywek ustalono dwie ligi będące odpowiednikami polskiej 1. ligi - 1. ligę Federacji Bośni i Hercegowiny oraz 1. ligę Republiki Serbskiej.