Naziści zgodzili się na ten projekt. Z ich punktu widzenia żydowscy pracownicy muzeum mieli ułatwić im pracę. Odpowiadała im koncepcja zgromadzenia w Pradze całego ruchomego majątku gmin żydowskich z Czech i Moraw, chociaż nie można wykluczyć, że kierowali się również innymi zamiarami. Często powtarzane przypuszczenie, jakoby naziści planowali stworzyć tak zwane muzeum wymarłej rasy, nie jest poparte dowodami.
W wyniku wydarzeń wojennych liczba obiektów muzealnych wzrosła w latach 1941–1945 z kilku tysięcy do wielokrotnie większej liczby. Cała działalność w tym zakresie wychodziła od praskiej gminy żydowskiej. Muzeum pracowało na wysokim poziomie zawodowym pod kierownictwem Tobiasa Jakobovitsa i Josefa Poláka.
Okres powojenny (1945–1994) Po wojnie, w której zginęło około 80 000 Żydów z Czech i Moraw, poza nielicznymi wyjątkami nie było komu zwrócić przechowywanych i skonfiskowanych przedmiotów. Muzeum, którego nową misją stało się upamiętnianie tragedii wojennej, wznowiło działalność 13 maja 1945 roku pod zarządem Rady Żydowskich Gmin Wyznaniowych i kierownictwem Hany Volavkovej. Pierwszą powojenną wystawę otwarto 26 czerwca 1946 roku. Oprócz obiektów żydowskiej kultury materialnej muzeum zaczęło opiekować się książkami, które podczas wojny utraciły właścicieli.