Znalazły się one następnie w bibliotece muzealnej, oficjalnie utworzonej w 1950 roku.
4 kwietnia 1950 roku muzeum zostało upaństwowione przez reżim komunistyczny i przemianowane na Państwowe Muzeum Żydowskie. W okresie dyktatury komunistycznej, aż do jej upadku w listopadzie 1989 roku, istnienie muzeum było z powodów ideologicznych wielokrotnie kwestionowane. Jego działalność podlegała ścisłemu nadzorowi organów państwowych. Pod pretekstem walki z syjonizmem ograniczano, a nawet uniemożliwiano działalność wystawienniczą, badawczą i wydawniczą oraz kontakty z zagranicznymi specjalistami.
Łatwiej można było podejmować jedynie tematy wpisujące się w koncepcję walki o pokój i przeciw faszyzmowi. Powołując się na ten cel, muzeum uzasadniało między innymi utworzenie pomnika czeskich i morawskich ofiar Zagłady, o którego powstaniu zdecydowano w 1954 roku i który uroczyście otwarto sześć lat później. Państwo nie dbało ani o zbiory, ani o budynki muzealne.
Mimo to muzeum nie rezygnowało ze wszystkich trudniejszych do przeprowadzenia inicjatyw. Josef Hráský zajmował się w latach 1960–1971 porządkowaniem zbiorów metali szlachetnych i cyny. W 1965 roku muzeum zaczęło wydawać czasopismo naukowe Judaica Bohemiae, ukazujące się do dziś.