W 1991 roku, po aksamitnej rewolucji, dyrektorką muzeum została Ludmila Kybalová. Również dzięki jej staraniom w 1994 roku budynki muzealne i Stary Cmentarz Żydowski zwrócono Gminie Wyznaniowej Żydowskiej w Pradze, a zbiory restytuowano Federacji Gmin Żydowskich w Republice Czeskiej jako prawnemu następcy nieistniejących już gmin żydowskich.
We wrześniu 1994 roku utworzono zrzeszenie osób prawnych Muzeum Żydowskie w Pradze, którego członkami zostały Federacja Gmin Żydowskich w Republice Czeskiej i Ministerstwo Kultury Republiki Czeskiej. Gmina Wyznaniowa Żydowska w Pradze jest reprezentowana w radzie administracyjnej i nadzorczej muzeum. W 1994 roku dyrektorem muzeum został Leo Pavlát. 1 lipca 2023 roku zastąpiła go Pavla Niklová.
Współczesność mały|Ekspozycja poświęcona Żydom na ziemiach czeskich w XIX i XX wieku w Synagodze Hiszpańskiej
Muzeum Żydowskie w Pradze tworzą obecnie następujące obiekty: Synagoga Maisela w Pradze Synagoga Pinkasa w Pradze Synagoga Hiszpańska w Pradze Synagoga Klausowa w Pradze Sala Obrzędowa Praskiego Bractwa Pogrzebowego (trwa rekonstrukcja; ekspozycja ma zostać otwarta w 2027 roku) Stary Cmentarz Żydowski w Pradze Galeria Artschul (trwa rekonstrukcja;