Kwitły liczne kolonie samarytańskie, z których największe istniały w Damaszku, Kairze i Gazie. Kolonie te przestały istnieć dopiero pod koniec XVI wieku (część badaczy twierdzi, opierając się na zapiskach karaimskich, że upadek kolonii egipskiej miał miejsce pod koniec XVIII wieku).
Średniowiecze i później W okresie chrześcijańskim pojawiły się prześladowania religijne, choć wielu Samarytan dobrowolnie przyjęło chrześcijaństwo. W pierwszej połowie IV wieku Rzym przyjął surowe prawa antysamarytańskie (znacznie bardziej represyjne niż dla Żydów). Za czasów wschodniorzymskiego cesarza Zenona pod koniec V w. Samarytanie zostali zdziesiątkowani po nieudanym powstaniu w roku 484. W roku 529 doszło do zniesienia autonomii Samarii. To wydarzenie oraz budowa kościoła na szczycie Gerazim z jednoczesnym zakazem odprawiania kultu na świętej górze Samarytan przyczyniły się do wybuchu wielkiego powstania. Trwało ono w latach 529–531, a jego przywódcą był Julianus ben Sabar. Zdławił je cesarz Justynian I Wielki, mordując większą część narodu.